Anna Bütikofer studierte nach der Ausbildung zur Primarlehrerin Allgemeine Pädagogik und Philosophie an der Universität Bern. Sie promovierte 2004 mit einer bildungshistorischen Arbeit zu Bildungs- und Schulkonzeptionen in der Helvetischen Republik. Zwischen 2006 und 2012 arbeitete sie an der Pädagogischen Hochschule Bern als Dozentin und Bereichsleiterin für erziehungs- und sozialwissenschaftliche Studien am Institut Sekundarstufe II. 2013 übernimmt sie beim Jugendamt des Kantons Bern die Funktion als stellvertretende Amtsleiterin; aktuell ist sie Abteilungsvorsteherin.